拝見していないので、何とも言えませんが、推測されるところからは2点ほど考えられます。
裏蓋（うらぶた）
スクリューバックの場合
まず、裏蓋がスクリュータイプ（ねじこみ式）の場合です。
もともと、スクリュー裏蓋は部品としてケースとは別に製造されていて、刻印（書かれてある文字）は、その部品製造されたあと、製品として組まれる前に、部品のままの状態で刻印されます。
腕時計の裏蓋は、商品として組立る際に締めこんでいくのですが、スクリュー裏蓋の場合、強化防水が維持できる締め込みをしなければなりません。
裏蓋の文字をケースに合わせる為に締め込みに加減を加えることはできません。
加減を加えると防水が効かなくなる可能性があります。
おそらく、電池交換前は、まっすぐだったものが、電池交換をして締め込みの加減が微妙に違ったため今までの向きとは異なってしまったと考えられます。
また、次の電池交換の際には、締め込みの加減が違うことにより、今の位置とは異なってしまう可能性があります。
こじ開けタイプの場合
電池交換をメーカーでするのではなく、街中の電池交換コーナーでやってもらった際に起こりやすい案件です。
特にパッキン交換などされていないと思いますので、防水のことも心配です。
裏蓋を閉める際に少しずれてしまったということになります。
はめ込みが少しずれてしまってもムーブメントから出ている竜針に影響がないように裏蓋の溝には少しだけ幅を持たせてあります。
影響なくちゃんと動いており、りゅうずが問題なく引くことが出来ていれば竜針に影響ないですので、大丈夫かと思います。
出来たら、ずれない方が当然いいですし、パッキンも交換したほうがいいですので、もし、長く使うということであれば、メーカーに出した方がいいかと思います。
